こんにちは。クロノグラフの仕組みは複雑なので難しいです(いつものことですが・・・)。
秒カウンターとおっしゃっているのは、もしかしたらセンターのクロノ針ではなく9時位置のインダイヤルの秒針のことではないでしょうか。分カウンターはセンターのクロノ針が12時位置を通過しないとカウントアップはしないので、止まっていると見えるかもしれません。2時位置のスタート・ストップボタンで秒、分は正しくカウントアップしませんか?
一方、時カウンターは香箱車(ぜんまいの入った箱)と連動するので、常に動き続けているのであればブレーキが利いていないと思います(ココがおかしくてもリセットボタンは効きます)。ありがちなトラブルです。