こんにちは。
クロノグラフの機構を使わない方が良い、
といってしまうと、そもそも時計自体を動かさずに寝かせておけば、磨耗も劣化もなく新品のコンディションを保てますという、極論になってしまいます。
ストップウォッチをスタートさせると、その瞬間テンプの振り角が落ちます。起動時の負荷や動かす歯車も増えるので、心臓部の振動の幅が落ちるのです。すると元気に振動していた3針時計の時に比べると、精度が悪化する可能性があるということだと思います。一般的にはやや進み気味になります。あくまでストップウォッチを使っている間です。
もちろん、繊細なパーツなので腕に着けて毎日ずっと動かしっぱなしは機械には良くないです。また、ダイバーズでも水中でクロノグラフのボタン操作は厳禁です(一部のハイスペックなモデルは別として)。